Des contraintes environnementales (réglementaires et techniques) sont exercées sur les entreprises de transformation des produits agricoles de taille importante jusqu’aux PME. Elles tendent désormais à s’imposer aux petites structures (TPE) pour lesquelles les connaissances et le recul restent insuffisants pour une application efficace. Ainsi la problématique de l’eau et des rejets devient une préoccupation majeure dans les projets de création de micro-structures (TPE) de transformation agroalimentaire. La disponibilité de la ressource peut guider les choix technologiques comme les choix d’organisation de la production. La caractérisation des rejets et les pré-traitements envisagés deviennent des éléments clefs pour l’installation sur les territoires et le raccordement aux réseaux de collecte des effluents ou pour le dimensionnement des systèmes de traitement des rejets. Ils constituent également un enjeu financier important en termes d'investissement dans un premier temps, puis de redevance par la suite. Les EPL de Mamirolle et Poligny, au travers des formations diplômantes dispensées, telles que le BTSA STA Produits Laitiers et Aliments et Processus Technologique en formation initiale comme en apprentissage, la Licence Pro « Responsable d'atelier de productions fromagères de terroir », la Licence Pro « Biotechnologies et génie des procédés appliqués aux boissons », ou le Certificat de spécialisation produits fermiers, participent à l’installation de micro-structures de productions alimentaires en Bourgogne Franche Comté, en particulier dans les domaines de la fromagerie et de la brasserie. Dans le cadre de la formation continue, les EPL ENIL de Franche comté accueillent des personnes en formation en projet de création d’activité, notamment dans les secteurs des micro-brasseries et de la transformation fromagère fermière. Par ailleurs dans le cadre de leur atelier technologique et de leur service d’appui aux entreprises, les EIL de Franche Comté conseillent les futures micro-structures de fabrication, tant sur les aspects technologiques, de sécurité alimentaires ou de conception des locaux. Depuis un vingtaine d’années, une expertise a été également développée sur les problématiques liées à la gestion de l’eau et des effluents dans les procédés de transformation des aliments. Cette expertise a été valorisée au niveau de l’atelier technologique de l’EPL de Mamirolle, pour la réduction des consommations d’eau notamment au niveau des nettoyages, mais également sur l’optimisation des prétraitements d’effluents alimentaires avant déversement dans les réseaux communaux de collecte des eaux usées. Fort de ces éléments, les EPL de Mamirolle et de Poligny souhaitent capitaliser leur expérience et savoir-faire dans le domaine, pour les transférer d’une part aux futurs exploitants des micro-structures de fabrication, et d’autres part aux responsables des structures actuelles , via différents outils (observatoire des pratiques, guide méthodologique, appui technique, modules de formation spécifiques). Un recueil de données relatives à l’utilisation de l’eau, aux rejets et à leur traitement sera effectué sur le terrain pour appuyer ces outils.