L'EPL d'Obernai se trouve sur un territoire transfrontalier, densément peuplé, aux enjeux environnementaux forts en lien avec l'activité agricole:
- préservation de la qualité de l'eau en particulier la nappe phréatique rhénane
les pollutions de l'eau compliquent son utilisation domestique et industrielle. Certaines stations de pompage dépassent aujourd'hui les normes de potabilité et nécessitent, une mise en réseau ou l'installation d'une unité de dénitrification, générant un surcoût pour les usagers
- préservation de la qualité exceptionnelle des sols de plaine
l'agriculture alsacienne tend vers une spécialisation et intensification des systèmes de production. De ce fait, le retour du C au sol a été peu pris en compte. On constate aujourd'hui une baisse de MO des sols et une plus grande difficulté des agriculteurs à maintenir rendement et structure des sols
- préservation de la biodiversité
les pratiques agricoles actuelles accordent peu de place à la biodiversité, notamment fonctionnelle