Depuis bientôt quatre ans l'ENILV s'est mobilisée pour impulser la création d'un pôle de recherche et développement "lait cru" en Savoie. Le projet 1/3 temps a pris part à cette impulsion en développant des projets d'étude de la flore des fromages sous signe de qualité par métagénomique grâce notamment aux techniques de métabarcoding. Ces projets ont pour but, à l'échelle locale ou nationale, de mobiliser les acteurs de la filière pour qu'ils s'approprient ces méthodes.
Dans un premier temps, l'ENILV, en collaboration avec ACTALIA produits laitiers (La Roche sur Foron) et le LECA de Grenoble a participé au projet GENOFROM. Dans le cadre de cette pré-étude, les résultats d'analyse de la dynamique de l'écosystème microbien sur deux fromages des Alpes du nord ont été concluants et ont fait l'objet d'une publication dans la revue des ENIL (numéro mars-avril 2015). Brièvement, cette étude préliminaire a permis de démontrer la faisabilité des méthodes de génomiques et notamment de métabarcoding (voir article revue des ENIL numéro novembre décembre 2015) pour l'analyse de l'écosystème microbien des fromages. Les premiers résultats ont montré la présence et la persistance des ferments ensemencés mais aussi des flores sous dominantes et notamment des bactéries de l'environnement de fromagerie (pelage, peau, matériel, saumure…).
Ce pré-projet, utilisé comme support scientifique et pédagogique a permis à l'ENILV de se positionner comme compétente sur ces thématiques et de conforter les partenariats mis en place. Forte de cette expérience, l'ENILV a participé ou a été à l'initiative pour la construction de trois autres projets :
- Projet ERASMO soumis au PEI région qui a été accepté. Ce projet vise à étudier les dynamiques microbiennes des populations endogènes (du lait) et exogènes (des levains) en cours de fabrication sur 3 technologies fromagères savoyardes, grâce aux méthodes omiques afin de mettre en évidence les synergies potentielles dans le développement des différentes flores présentes.
- Projet PICODON soumis au PEI région qui a été accepté. L'ODG PICODON c'est lancé dans la création d'une collection de souches afin d'assurer la protection de leur patrimoine fromager. Pour cela, nous réaliserons une cartographie de la diversité des flores par métagénomique et une mise en conservation de consortia de flores dans un premier temps. Puis, aux vues des résultats de métagénomique, nous isolerons les flores d'intérêt afin de les mettre en conservation elles aussi.
- Projet RELAIT (« Nouveau Regard sur les Ecosystèmes Laitiers et fromagers : développement et Appropriation des outils Innovants de la Transcriptomique « ) qui a été soumis à l’appel à projet CASDAR innovation technologique. La transcriptomique permet d’aller plus loin dans l’étude des écosystèmes fromager en tentant de détecter l’activité métabolique du microbiote en lien avec la technologie de fabrication et les qualités sensorielles. Ce projet a pour vocation, d’une part, de développer les méthodologies permettant l’utilisation des outils transcriptomiques et, d’autre part, de décentraliser les compétences pour une utilisation par les filières fromagères valorisant leur terroir.
Ces projets permettront à la filière sur le long terme d'avoir la maîtrise des outils modernes permettant d'adapter leur offre aux différents types de consommation et de préserver la typicité et les qualités organoleptique des fromages français, marqueurs forts de notre patrimoine national.
