Depuis bientôt trois ans l'ENILV s'est mobilisé pour impulser la création d'un pôle de recherche et développement "lait cru" en Savoie. Le projet 1/3 temps a pris part à cette impulsion en développant des projets d'étude de la flore des fromages sous signe de qualité par métagénomique grâce notamment aux techniques de métabarcoding. Ces projets ont pour but, à l'échelle locale ou nationale, de mobiliser les acteurs de la filière pour qu'ils s'approprient ces méthodes. Dans un premier temps, l'ENILV, en collaboration avec ACTALIA produits laitiers (La Roche sur Foron) et le LECA de Grenoble a participé au projet GENOFROM. Dans le cadre de cette pré-étude, les résultats d'analyse de la dynamique de l'écosystème microbien sur deux fromages des Alpes du nord ont été concluants et ont fait l'objet d'une publication dans la revue des ENIL (numéro mars-avril 2015). Brièvement, cette étude préliminaire a permis de démontrer la faisabilité des méthodes de génomiques et notamment de métabarcoding (voir article revue des ENIL numéro novembre décembre 2015) pour l'analyse de l'écosystème microbien des fromages. Les premiers résultats ont montré la présence et la persistance des ferments ensemencés mais aussi des flores sous dominantes et notamment des bactéries de l'environnement de fromagerie (pelage, peau, matériel, saumure…).Ce pré-projet, utilisé comme support scientifique et pédagogique a permis à l'ENILV de se positionner comme compétente sur ces thématiques et de conforter les partenariats mis en place. Forte de cette expérience, l'ENILV a participé ou a été à l'initiative pour la construction de trois autres projets :- Projet ADAMOS ("Un nouveau regard sur les écosystèmes fromagers : appropriation, développement et apports des méthodes omiques") soumis au CASDAR 2017. Ce projet a pour objectif de favoriser l’adaptation et l’appropriation des méthodes de génomiques pour et par les filières fromagères de terroir au niveau national. A cette fin, il était prévu de créer une boite à exemples d'utilisation de ces outils pour répondre à des questions précises. Les questions étaient : (1) suivre l'implantation des ferments ajoutés au cours du process de fabrication d'un fromage au lait cru, (2) d'évaluer l'influence de la composition microbienne du lait sur celle du fromage et (3) de décrire l’influence des paramètres technologiques sur le métabolisme des micro-organismes et de mettre en évidence des facteurs pouvant entrainer des défauts de gout ou de texture. Un axe entier coordonné par le 1/3 temps était prévu pour la diffusion et le transfert des connaissances ainsi que la création de modules de formation dans le cadre du réseau des ENIL. Ce projet sera réécrit et à nouveau soumis au CASDAR 2018.- Projet ERASMO soumis au PEI Région (FEADER) qui a été accepté. Ce projet vise à étudier les dynamiques microbiennes des populations endogènes (du lait) et exogènes (des levains) en cours de fabrication sur 3 technologies fromagères savoyardes, grâce aux méthodes omiques afin de mettre en évidence les synergies potentielles dans le développement des différentes flores présentes.- Projet PICODON soumis au PEI Région (FEADER) qui a été accepté. L'ODG PICODON s'est lancé dans la création d'une collection de souches endogènes afin d'assurer la protection de leur patrimoine fromager. Pour cela, nous réaliserons une cartographie de la diversité des flores par métagénomique et une mise en conservation de consortia de flores dans un premier temps. Puis, au vue des résultats de métagénomique, nous isolerons les flores d'intérêt afin de les mettre en conservation elles aussi. Ces projets permettront à la filière sur le long terme d'avoir la maîtrise des outils modernes permettant d'adapter leur offre aux différents types de consommation et de préserver la typicité et les qualités organoleptiques des fromages français, marqueurs forts de notre patrimoine national. Le 1/3 temps, par son expertise en bioinformatique et sur les techniques de biologie moléculaire est devenu une personne ressource essentielle pour ces projets dans la mesure où il participe à leur construction scientifique et réalise l’analyse et l’interprétation de toutes les données de métagénomique. Au fil des projets le partenariat avec le LECA et Actalia lui permet de développer et de renforcer cette expertise qu’il peut ensuite valoriser dans le cadre du développement des activités de recherche et de développement de l’ENILV et des formations initiales et continues.
