Animation et développement
des territoires
de l'enseignement agricole

Aujourd’hui, les techniques de NGS (« Next Generation Sequencing ») commencent à être utilisées dans le domaine de l’agro-alimentaire. Les laboratoires de recherche fondamentale qui se sont focalisés sur l’étude de l’écosystème intestinal se tournent maintenant vers les écosystèmes microbiens alimentaires et notamment fromagers car un fromage est un environnement plus facile à produire et à modéliser. L’industrie laitière a donc une opportunité à saisir car elle aurait tout intérêt à s’insérer dans des projets de recherche appliquée pour lesquels les laboratoires type INRA ou CNRS sont demandeurs et où tout le monde y trouverait son compte. Surtout que le contexte actuel s’y prête. En effet, le marché du fromage et les modes de consommation évoluent. On voit apparaître d’une part une population plus jeune qui préfère des fromages moins typés et d’autre part une population qui recherche une typicité de goût plus marquée avec des exigences de sécurité alimentaire toujours très présentes. Le débat autour de l’intérêt nutritionnel du lait cru dans l’acquisition d’une certaine immunité et donc de la diminution des phénomènes d’allergie est toujours d’actualité également. Face à ce contexte les défis de la filière laitière dans son ensemble sont importants : s’adapter aux différents types de consommation et préserver la typicité et les qualités organoleptiques des fromages français et particulièrement des produits sous signe de qualité. C’est pourquoi, une des demandes actuelles des professionnels via le Centre National Interprofessionnel de l'Economie Laitière (CNIEL) et le Centre National des Appellations d’Origine Laitière (CNAOL) est la promotion de l’image du lait et des produits laitiers.Les techniques de NGS peuvent justement amener plus de connaissances sur les écosystèmes microbiens laitiers. Elles pourraient être utilisées afin de déterminer la dynamique de l’écosystème microbien au cours du process de fabrication. Cela permettrait ensuite de déterminer les leviers technologiques permettant d’orienter l’écosystème vers une plus grande diversité microbienne amenant plus de diversité sensorielle. Il est grand temps de s’intéresser aussi aux organismes non cultivables et minoritaires qui jouent sûrement un rôle dans la production de molécules aux qualités organoleptiques intéressantes. La méta-génomique pourrait déterminer « qui est là » tout au long du process. De la même manière, la méta-transcriptomique pourrait être une bonne méthode pour déterminer « qui fait quoi » tout au long du process. Bien étendu, ces études potentielles devraient établir des corrélations entre la dynamique de l’écosystème microbien et les paramètres technologiques. De telle sorte qu’une meilleure maîtrise de l’écosystème permettrait de pouvoir l’orienter par des leviers technologiques favorables à l’expression de souches aux caractéristiques organoleptiques intéressantes. En somme les données de NGS corrélées à la technologie de fabrication permettraient de pratiquer l’écologie microbienne dirigée.Afin de répondre à ses enjeux le pôle R&D Rochois composé de l'ENILV 74 et ACTALIA 74 se fait force de proposition pour monter des projets dans ce sens. Grâce à des partenariats avec les instituts de recherche tels que l’INRA de Grignon et le LECA (CNRS) de l’université Joseph Fourier de Grenoble, le pôle a proposé au Centre de ressources pour l'agriculture de qualité et de montagne (CERAQ) un projet ambitieux appelé ECOMIL (ECOsystèmes Microbiens Laitiers). Ce projet a été présenté au réseau mixte technologique « Fromages de terroir » dans le groupe écosystèmes microbiens car il complète la réflexion de ce groupe sur les outils génomiques et leur utilisation. Le pôle propose d’étudier la dynamique de l’écosystème microbien des fromages au lait cru sous signes de qualité d’Alpes du nord. La génomique permettra d’établir un état des lieux de l’écosystème microbien fromager puis de décrire l’évolution de cet écosystème tout au long du process de fabrication. La transcriptomique, corrélée aux résultats précédents permettra de définir le rôle de chaque espèce microbienne (y compris les minoritaires) dans la biochimie du fromage. Puis, différents leviers seront testés pour orienter l’évolution de l’écosystème et favoriser l’expression des souches aux qualités organoleptique intéressantes. Les buts finaux seront de diversifier l’offre de levains disponibles pour améliorer les capacités organoleptiques des fromages au lait cru d’Alpes du nord afin d’en augmenter l’attrait pour le consommateur.