Dans le contexte réglementaire actuel conduisant l?activité industrielle vers des objectifs de développement durable, l'activité de transformation laitière présente certaines spécificités telles que des grands volumes de matière mise en oeuvre, des consommations d'eau et d'énergie importantes. Plusieurs programmes régionaux ont déjà favorisé l'émergence de nouvelles pratiques et de nouveaux comportements tel que le programme PIMPAF. L'ENIL s'inscrit dans cette démarche d'une part par sa propre activité de transformation, et d'autre part par son activité de formation, domaines dans lesquels l'atelier technologique de l'ENIL constitue une référence régionale voire nationale. L'ENIL est aussi l'EPL diplômant le plus de BTSA Industrie laitière ou support de formation de fromagers régionaux.
L'ENIL est impliquée à plusieurs niveaux :Un service technique (2 techniciens) intervenant dans les coopératives laitières pour les fabrications de Mont d'Or et de Comté permet depuis de nombreuses années un lien fort entre l'ENIL et la profession fromagère.Depuis 2003, plusieurs enseignants ont constitué un Pôle Gestion de l'Eau et de l'Environnement afin de développer des activités de formation et d'études auprès des professionnels, en particulier dans l'agroalimentaire.L'ENIL participe au Réseau Mixte Technologique ECOVAL. L'établissement est aussi partenaire du futur RMT Filières fromagères valorisant le terroir.L'ENIL a également mis en place son Agenda21 piloté animé par plusieurs membres du personnel dans lequel plusieurs partenariats sont engagés au niveau local.
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